Hak Asasi Manusia (HAM) memiliki hubungan yang erat dengan Wawasan Nusantara karena keduanya sama-sama menekankan pentingnya keseimbangan antara hak individu dan kepentingan bersama dalam kehidupan berbangsa dan bernegara. Wawasan Nusantara sebagai cara pandang bangsa Indonesia memandang seluruh wilayah dan masyarakat sebagai satu kesatuan yang utuh, sehingga pelaksanaan HAM tidak boleh hanya berfokus pada kebebasan individu, tetapi juga harus mempertimbangkan persatuan, kesatuan, serta kepentingan nasional.
Dalam perspektif ini, penghormatan terhadap HAM harus dilakukan secara adil dan merata di seluruh wilayah Indonesia tanpa membedakan suku, agama, ras, maupun golongan. Wawasan Nusantara juga menekankan bahwa kebebasan setiap individu memiliki batas, yaitu tidak boleh merugikan orang lain atau mengganggu keutuhan bangsa. Oleh karena itu, pelaksanaan HAM di Indonesia cenderung bersifat seimbang, yaitu mengakui hak sekaligus menekankan kewajiban warga negara.