Masalah yang dihadapi oleh pengelola kawasan konservasi di Indonesia adalah minimnya dana pengelolaan, terbatasnya petugas dalam pengawasan, lemahnya upaya penegakkan hukum, dan lain-lain, sehingga bisa saja penetapan kawasan konservasi perairan menjadi tidak efektif dan mengalami gangguan. Tentu saja ada sanksi hukum atas tindakan pelanggaran hukum di kawasan konservasi, hanya saja sejauh mana upaya penegakkan hukum sudah dilakukan akibat keterbatasan pengelolaan yang sudah disebutkan sebelumnya

Benar, suaka alam perairan lebih mementingkan perlindungan biodiversitas drpd kawasan konservasi lainnya, seperti Taman Nasional Perairan dan Taman Wisata Perairan.