Keanekaragaman hayati di perairan penting karena setiap makhluk hidup di dalamnya saling bergantung satu sama lain. Tumbuhan air dan fitoplankton menjadi sumber makanan awal, lalu dimakan oleh ikan kecil hingga predator yang lebih besar, sehingga rantai makanan tetap seimbang. Jika satu jenis organisme hilang, keseimbangan ekosistem bisa terganggu dan berdampak pada makhluk hidup lainnya. Keanekaragaman juga membuat ekosistem perairan lebih kuat menghadapi perubahan lingkungan, seperti pencemaran atau perubahan suhu. Oleh karena itu, menjaga keanekaragaman hayati perairan berarti menjaga kelangsungan hidup ekosistem dan manusia yang bergantung padanya.